В своей практике я допустил только часть из них, другая часть описанных ошибок взята из опыта коллег.

1. Сознательное занижение требований к кандидатам при наборе сотрудников в филиал. Дескать, главное запуститься, а потом «дошлифуем» –  «не дошлифовывается», приходится менять людей, а это всегда процесс болезненный и затратный, включая недополученную выручку;
2. На начальном этапе работы филиалу ставятся слишком простые задачи. В поддавки с филиалом не играем.  Задачи филиалу должны ставиться с учетом его уровня развития и  всегда с небольшим «запасом», т.е. выше, больше, сложнее, чем наши ожидания о способностях филиала.
3. Отсутствие достоверного контроля за движением денежных средств и товаров в филиале. Не потому что украдут, просто репутация ЦО в глазах филиала сильно проиграет. Я всегда стараюсь вести дела так, что в каждый момент времени могу отчитаться за каждую копейку и за каждую единицу имущества переданную в филиалы. (максимум в течении 1 часа, зависит от применяемой информационной системы, то ли все в Excel ведется, то ли есть система учета, например на базе 1С или ERP системы). Бывали случаи при передачи имущества из филиала в филиал, один филиал списал это имущество с 01 счета, а у другого оно не появилось на 01 счете. Курирующий бухгалтер об этом перемещении вполне может не знать, поэтому управляющий филиалами должен четко отслеживать подобные операции. 
4. Отсутствие Корпоративных стандартов работы филиала и регламентов коммуникации со службами головной компании.
5. Отсутствие контроля над мотивацией персонала. Нельзя это полностью отдавать на откуп директору филиала, однако лишать директора филиала влияния на мотивацию сотрудников филиала тоже нельзя.
6. Отсутствие настойчивости в требовании к филиалу выполнить то или иное указание. Филиал, он, как ребенок испытывает родителей,  постоянно испытывает вас на прочность. Один раз сказали, не сделал, другой раз не сделал и всегда есть благовидный предлог. Главное, не давать спуску, что бы директор и сотрудники филиала поняли, от них не отстанут, до тех пор, пока поручение не будет выполнено. Это надо сделать один раз, это окупается с торицей.
7. У филиала должен быть один руководитель. В ЦО бывает много желающих лично отдавать поручения филиалу. Потом поступают жалобы на неуправляемость филиалов: «А, что это они у вас такие бестолковые, поручения через раз выполняют, а то и через два на третий». Точек входа информации и поручений в филиал должно быть мало, регулярных всего две «непосредственный руководитель директора филиала с директором филиала» и «курирующий бухгалтер с бухгалтером филиала».
8. Непосредственный руководитель директора филиала ВСЕГДА должен проверять информацию, когда филиал не может выполнить его поручения и ссылается на выполнение поручения вышестоящего руководства. Не ленитесь и не бойтесь  узнать у вышестоящего руководства достоверно ли это. И, главное, что точно поручалось. Сами будете в курсе и филиалу поможете наиболее точно выполнить поставленную задачу. Директора филиала воспитываем в духе - Получил указание (поручение) не от непосредственного руководителя, немедленно проинформируй его об этом.